EBAMER’in amacı; Türkiye’yi özellikle Ege Bölgesini doğrudan ve dolaylı olarak ilgilendiren hukuk,
denizcilik, tarih, sosyal, kültür, dış politika, uluslararası ilişkiler, ekonomi, bilim ve teknoloji konularında
araştırmalar yaparak sonuçlarını yayın ve akademik çalışmalar yoluyla duyurmak ve özellikle Türkiye ve Yunanistan
ilişkilerinin gelişmesini etkileyen her türlü verileri inceleyerek bunların iki ülke arasında sürekli barış ve iş
birliğini öngörecek şekilde değerlendirilmelerini sağlamak ve iki ülkenin ilişkilerini bu anlayışla en geniş
çerçevede incelemektir.